Chaque jour, les biologistes du laboratoire observent la morphologie des embryons et ils choisissent, en accord avec le gynécologue, le moment le plus propice et le(s) meilleur(s) embryons pour les transférer. Sont considérés comme les meilleurs embryons ceux qui ont la probabilité la plus importante de s’implanter. Le biologiste aspire le(s) embryon(s) à transférer dans un fin tube souple (cathéter) pour que le gynécologue puisse faire le transfert. Le transfert est un geste indolore, ne nécessitant pas d’anesthésie, au cours duquel le gynécologue va déposer le(s) embryon(s) sélectionné(s) au fond de l’utérus. Une fois le transfert effectué, le biologiste s’assure que l’embryon n’est pas resté dans le cathéter.
Le moment du transfert est un paramètre clé dans le succès d’une tentative. Les embryons peuvent être transférés à deux moments de leur développement : le stade clivé précoce correspondant au 2ème ou 3ème jour de développement et le stade blastocyste correspondant au 5ème ou 6ème jour de développement. Le moment le plus propice au transfert est déterminé de façon consensuelle entre le gynécologue, le biologiste et le couple en fonction de différents facteurs : la morphologie et le nombre des embryons, l’âge de la patiente, le rang de la tentative, les résultats d’éventuelles tentatives précédentes, etc. Chacun de ces stades présente des avantages et des inconvénients : le stade blastocyste permet de réaliser une sélection embryonnaire plus fine mais il comporte risque d’une absence de transfert par absence d’embryon de qualité suffisante pour permettre un transfert.